Petaflopsy dobra
Data publikacji
1 Czerwiec 2020
Czy wiesz, że bez doktoratu z medycyny też możesz pomóc wynaleźć lek na koronawirusa? A sam proces zdaniem badaczy od wielkiej nauki ma sporo wspólnego z… meczem piłki nożnej! Jednak, by dokonywać odkryć naukowych potrzebujemy ogromnej mocy obliczeniowej. A gdzie jest jej więcej niż w komputerach?

Cofnijmy się najpierw o 20 lat, gdy jeszcze nikt nie przewidywał pandemii koronawirusa. Jak opowiedział mi Anton Thynell z Uniwersytetu Stanforda, zespół badaczy od ponad dwóch dekad realizuje [email protected] – projekt obliczeń rozproszonych, który wykorzystując moc komputerów, prowadzi prace naukowe nad stworzeniem leków na poważne choroby nowotworowe (jak m.in. rak piersi czy nerek), wirusowe (zapalenie wątroby, wirus Zika) oraz neurologiczne (jak choroba Alzhaimera, Huntingtona, czy Parkinsona).

W tym roku zespół zdecydował o oczywistym przedmiocie badań – analizie dynamiki struktur białka wirusa SARS-CoV-2. Tym samym platforma mocno zyskała na popularności i wielu ludzi oraz firm postanowiło pomóc naukowcom w opracowaniu niezbędnej szczepionki. [email protected] zawiera kilka symulacji opartych na procesorze i GPU, mających na celu analizę dynamiki i właściwości białek COVID-19. Jeśli wszystko pójdzie dobrze, to [email protected] pozwoli uzyskać wiedzę, jak leki mogą wpływać na wirusa, prowadząc do możliwości leczenia.

Jak to wygląda w praktyce? Anton Thynell tak opowiada o pracy wielkich naukowców: – Badamy białko tak, jak obserwuje się mecz piłki nożnej. Sprawdzamy, jak białka wyglądają na początku gry, jaka jest wyjściowa pozycja „graczy”, jak się zachowują. Nasze symulacje pokazują zwijanie (ang. fold) i rozwijanie (ang. unfold) białka.

BohaTECHowie w akcji!

By to było możliwie, z całego świata płynie moc obliczeniowa pochodząca z komputerów osobistych i serwerów. [email protected] bije rekordy wydajności – łączna wydajność projektu jest wyższa niż zsumowana moc obliczeniowa 500 najwydajniejszych superkomputerów na świecie, według ostatnich statystyk – projekt osiągnął moc obliczeniową około 2,4 exaflopsa (czyli może przeprowadzić około 2 400 000 000 000 000 000 operacji zmiennoprzecinkowych na sekundę).

W akcję aktywnie włączyły się również polskie firmy, działając w ramach akcji Polska Vs. Covid-19 oraz Wyzwania BohaTECHów.

Długo zastanawialiśmy się, jak pomóc, gdy firmy odzieżowe zaczynały szyć maseczki, inne firmy dostarczały obiady medykom; my natrafiliśmy na wiedzę o akcji [email protected], zapoczątkowanej w Polsce przez agencję iCEA. Ponieważ jako firma IT mamy więcej mocy – postanowiliśmy połączyć siły we wspólnym projekcie.
Dominika Bucholc
inicjatorka akcji Wyzwanie dla BohaTECHów, w ramach której firmy mogą przyłączać się do [email protected] i inicjatywy Polska vs. COVID-19
Pomysł narodził się dość spontanicznie.Nasz Head of SEO, wyłapał w sieci informację o projekcie [email protected] i zaproponował dołączenie. Przekształcenie tego w inicjatywę zrzeszającą branżę było naturalnym krokiem. Chcieliśmy pomóc i zaangażować się w projekt. Przekazaliśmy moc obliczeniową pierwszych 20 dedykowanych jednostek i zaczęliśmy zapraszać kolejne firmy, do grupy którą stworzyliśmy – Polska vs COVID-19. Od początku ważne dla nas było, by zaangażować jak największą ilość biznesów i wspólnie pokazać, że w dzisiejszych czasach technologia sprzyja nauce, a nie szkodzi.
Jacek Dziura
Dyrektor Marketingu w Grupie iCEA

W idei obliczeń rozproszonych – na której bazuje program – najważniejsza jest ilość jednostek, dlatego istotny jest każdy komputer podłączony do sieci. Hicron podszedł do sprawy na poważnie i przekazał 6 serwerów, odpowiadających mocą 72 procesorom CPU, dzięki czemu został oficjalnym współorganizatorem akcji Polska vs. COVID-19.

Sieć czynienia dobra

iCEA cały czas stara się zaktywizować kolejne firmy do udziału w akcji. Na ten moment wpiętych jest już około 220 jednostek, ale Hicron i inne zaangażowane podmioty działają dalej, zarażając kolejne firmy chęcią udostępniania mocy obliczeniowych dla wielkiej nauki. Czasami wystarczą proste kroki, niosące realne wsparcie dla programu o tak ważnej, dziejowej misji

Na serwerach nie ograniczaliśmy udostępnianej mocy, zatem możemy powiedzieć, że są to serwery w 100% dedykowane projektowi. Dzięki temu udziałowi aktualnie stanowimy 1.44% wszystkich wykonanych obliczeń w projekcie Polska vs COVID-19. Naszym celem jest udostępnienie min. 10 serwerów, na co możemy sobie pozwolić, posiadając własne data centre. To, ile mocy obliczeniowej jeszcze potrzeba, zależy od aktualnego tempa prac nad możliwymi sposobami terapii choroby COVID-19.
Andrzej Gontarz
Andrzej Gontarz
IT Manager w Hicron

Komputer do pracy?

Warto pamiętać, że nie tylko firmy IT mogą brać udział w programie, w rankingu znajdziemy też sklepy internetowe i biznesy z różnych branż. Każda firma lub osoba indywidualna może udostępnić trochę mocy, gdyż na komputerze przekazanym do [email protected] można nadal pracować lub surfować po internecie. Sami decydujemy o stopniu udostępnianych mocy obliczeniowych, definiując procent wykorzystywanego obciążenia dla [email protected] poprzez ustawienie wydajności w programie (opcja Power). Do wyboru mamy poziomy: light – ~40% mocy procesora; Medium – ~70% mocy procesora lub High – ~100% mocy procesora. Możemy również ustawić, by obliczenia wykonywały się tylko wtedy, gdy na komputerze nie jest wykonywana żadna praca (tryb „Only in Idle”), czyli np. w nocy lub w czasie przerwy, dodaje Gontarz.

Warto również pamiętać, aby zaimplementować rozwiązanie zgodnie ze standardami i procesami obowiązującymi w firmie, mając na uwadze panujące wysokie standardy bezpieczeństwa. [email protected] wymaga jedynie dostępu do Internetu, zatem nie ma potrzeby, by oferowane serwery posiadały choćby najmniejszy dostęp do wewnętrznej sieci firmowej, co powoduje, że nie ma ryzyka utraty czy „wycieku” danych. Można pomagać bezpiecznie i bezkolizyjnie.

Maleńka cząsteczka, mierząca zaledwie 90-140 nm bezpowrotnie zmieniła świat, który znamy. Pandemia dotknęła wszystkich, ale uruchomiła też niespotykaną dotąd lawinę dobra – inicjatyw społecznych i wzmożonych wysiłków badaczy. Cały świat nauki pracuje nad szczepionką – aby pokonać maleńki wirus potrzeba ogromnych mocy obliczeniowych, dlatego liczy się każdy pojedynczy flops. Masz tę moc?

Ta strona używa plików cookie. Kontynuując korzystanie z tej witryny, zgadzasz się z naszą Polityką Prywatności.

Wyrażam zgodę